Según Decreto Ejecutivo No. PCM-027-2011, el cual reforma el Reglamento de Organización, Funcionamiento y Competencias del Poder Ejecutivo (Decreto PCM-008-97) Artículo 87- D: Compete a la Secretaría de Justicia y Derechos Humanos:
Lo concerniente a la promoción, coordinación, formulación, armonización, implementación y evaluación de las políticas en materia de justicia y derechos humanos incluyendo:
a) La promoción, coordinación, formulación, armonización, implementación y evaluación de las políticas del Poder Ejecutivo sobre acceso a la justicia;
b) La de promover la revisión, actualización y armonización del ordenamiento jurídico nacional;
c) La de promover la revisión, actualización y armonización del ordenamiento jurídico nacional a los estándares internacionales;
d) La de promover la seguridad jurídica y el conocimiento de la ley por parte de la ciudadanía;
e) La coordinación y enlace de las organizaciones de la sociedad civil vinculadas al quehacer de la justicia y los derechos humanos en su relación con el Gobierno;
f) La solución extrajudicial o alterna de conflictos en el ámbito de su competencia;
g) La promoción de la responsabilidad ciudadana para una cultura de paz;
h) La promoción de una política de desarrollo de instancia alterna de solución de conflicto en el ámbito de su competencia;
i) La coordinación y enlace con los órganos del Poder Judicial, Ministerio Público, Procuraduría General de la República, el Comisionado Nacional de los Derechos Humanos (CONADEH) y otros, en su relación con el Poder Ejecutivo en materia de Derechos Humanos;
j) Lo relativo a indultos de conformidad con la legislación sobre la materia;
k) Formular, coordinar, ejecutar y evaluar las políticas públicas en materia de justicia y derechos humanos en el marco de la Visión de País y Plan de Nación;
l) Asumir las directrices enuncias en la C Visión de País y Plan de Nación y los Objetivos de Desarrollo del Milenio en lo concerniente a las materias;
m) La formulación, coordinación, fomento, armonización y ejecución de la política pública en materia de Derechos Humanos y el Plan Nacional de Acción en Derechos Humanos con la participación de las Organizaciones de la sociedad civil.
n) La de asesorar a los diferentes órganos del Poder Ejecutivo en la coordinación, diseño, e implementación de políticas públicas, programas y planes en la temática de justicia y derechos humanos;
o) La de promover el fortalecimiento de las capacidades de las instituciones de la Administración Pública Centralizada y Descentralizada para el cumplimiento de sus obligaciones en materia de derechos humanos en la esfera de su competencia;
p) La coordinación y enlace con las instituciones encargadas de las actividades encaminadas a promover y proteger los derechos y garantías de los niños y niñas, jóvenes, mujeres, adultos mayores, personas con discapacidad, personas privadas de libertad, etnias y trabajadores migratorios y de sus familiares;
q) Establecer estructuras, funciones y atribuciones que posibiliten la tutela de los derechos de los grupos colocados en posición de vulnerabilidad;
r) La redacción, presentación y sustentación de los Informes de los Tratados e Instrumentos de derechos humanos ratificados por el Estado de Honduras;
s) La de realizar estudios e investigaciones que sirvan de apoyo al resto de espacios gubernamentales y estatales para el fortalecimiento de las capacidades investigativas y de respuesta en materia de Justicia y Derechos Humanos;
t) La de realizar estudios e investigaciones que contribuyan a mejorar el conocimiento que se tiene de los derechos humanos por parte de los diferentes órganos del Poder Ejecutivo para la implementación de sus políticas públicas;
u) La de coadyuvar en el fortalecimiento de las capacidades institucionales en el desarrollo de las investigaciones que en materia de Derechos Humanos lleven a cabo los entes encargados;
v) La de representar al Poder Ejecutivo nacional e internacionalmente en grupos de trabajo, eventos, comisiones, cónclaves y reuniones ministeriales en materia de justicia y derechos humanos a los que sea invitado el Gobierno de la República;
w) La de contribuir a la prevención de violencia asociada a conflictos sociales, promoviendo procesos de diálogo, formación y educación en derechos humanos para una cultura de paz y el desarrollo de las capacidades de la administración pública en todos sus niveles para identificación y resolución temprana de conflictos;
x) La de prevenir e identificar riesgos y amenazas para el gozo de la justicia y el ejercicio pleno de los derechos humanos;
y) La promoción con otros Estados u organismos internacionales de la política pública en materia de justicia y derechos humanos;
z) Las demás que le señalen otras leyes.